1998 grundade Stan Lee och Peter F. Paul företaget Stan Lee Media i syfte att förvalta Lees skapelser, gamla som nya. Som ett led i detta hävdar Paul att Stan Lee skrev över rättigheterna till välkända Marvel-hjältar som Spider-Man, X-men och Fantastic Four till företaget i utbyte mot aktier.
Frågan är dock om det överhuvudtaget skulle varit möjligt för Lee att häva äganderätten till dessa figurer med tanke på att han skapade figurerna medan han var anställd hos Marvel. Den ökända principen om ”work-for-hire” har mer än en gång lett till att serieskapare misslyckats med att få tillbaka rättigheterna de en gång – möjligen i ungdomligt oförstånd – skrivit över på förlaget. Förlagen har funnit det enklare att frivilligt ingå uppgörelser med åldersstigna serieskapare för att undvika segslitna rättstvister. Så gjorde man även med Stan Lee 1998, då han avsade sig alla rättigheter för en okänd summa pengar.
År 2000 lades Stan Lee Media i princip ner. Inga av hans nya seriesatsningar hade blivit någon större framgång. Peter F. Paul ansökte om konkursskydd för Stan Lee Media och drev företaget vidare med nya investerare. Sedan dess har Stan Lee Media mest sysslat med att försöka stämma Marvel och grundaren Stan Lee själv – och misslyckats, nu för tredje gången.
2012 stämde företaget Marvel på 5,5 miljarder dollar för uteblivna intäkter i samband med de framgångsrika filmatiseringarna. Och 5 september 2013 beslutade så en federal domare att avvisa Stan Lee Medias yrkande. Domaren förbjöd också företaget från att driva denna specifika upphovsrättsfråga vidare.
